Film istoimeno prati nekoliko priča. U prvoj priči, Frodo i Sem pokušavaju da, uz pomoć Goluma, uđu u Mordor i da unište Jedinstveni Prsten. U drugoj priči, pratimo Merija i Pipina na putu kroz šumu Fangorn, gde sreću ljude-drveće, koji im na kraju pomažu da osvoje Izengard. U trećoj priči, Aragorn, Legolas, Gimli i Gandalf pokušavaju da odbrane zemlju Rohan od najezde Orka.
Na putu za Mordor
Frodo i Sem pokušavaju da stignu u Mordor, kako bi u ponoru Dum-planine uništili Jedinstveni Prsten. Frodo oseća da ih neko prati, tako da oni postavljaju zasedu. U nju upada Golum, koji ih je pratio od početka njihovog putovanja, pokušavajući da im otme Prsten. Golum je postao rob Prstena i zove ga "Moj prekrasni". Frodo i Sem otkrivaju da Golum zna put do Mordora, pa mu postavljaju mito: oni će biti fini prema njemu i poštedeće mu život, ako on njih odvede do kapija Mordora.
Sem primećuje da Prsten sve više uzima Froda pod svoje. Frodo više ne može da se kontroliše. Ne skida oka s Prstena, često ga mazi i pazi kao da je to nešto dobro. Sem se nekoliko puta nudi da on malo nosi Prsten, kako bi olakšao Frodu teret, ali Frodo to shvata pogrešno. On misli da Sem želi da uzme Prsten za sebe. Golum sve više potpiruje njihove razmirice, jer on želi Prsten za sebe. Froda je pridobio, ali je Sem i dalje nepoverljiv. Zato Golum traži najbolji način da ga ukloni.
Golum ispunjava svoje obećanje. Dovodi Froda i Sema do kapija Mordora, ali zbog jake straže, ne uspevaju da uđu. Golum im otkriva da postoji duži, ali bezbedniji, put kroz pećine. Frodo odlučuje da idu tim putem, ali ih u šumi zarobljavaju Faramir, mladi kapetan Gondora, i njegova četa. Faramir hvata i Goluma, koga muči, sve dok mu ovaj ne otkrije šta Frodo nosi. Faramir, koji je ceo život proveo u senci perfektnog starijeg brata Boromira, želi da se istakne i odnese ocu Prsten u Gondor.
Na putu za Gondor, Frodo i Sem pokušavaju da nateraju Faramira da ih pusti, jer je njihova misija od presudnog značaja. Ipak, Faramir ih vodi u Beli grad, gde ih napadaju Sauronovi Nazguli. Frodo zamalo daje vrhovnom Nazgulu Prsten, ali ga Sem sprečava. Faramira to ubedi da ih pusti, a njih dvojica, uz pomoć Goluma, nastavljaju put ka Mordoru.
Kroz šumu Fangorn do Izengarda
Meri i Pipin, koje su zarobili Orci, uspevaju da im pobegnu. Bežeći, ulaze u šumu Fangorn. Ali, nisu znali da u toj šumi žive Enti, ljudi-drveće. Jedan od njih, Drvobradi, uzima Pipina i Merija (jer je natprirodno veći od njih), misleći da su Orci. Oni pokušavaju da mu kažu da su Hobiti, ali on im ne veruje. Zato ih vodi kog Belog čarobnjaka, da on utvrdi ko su. Oni misle da ih vodi kod Sarumana, ali ih dočekuje iznenađenje.
Po naredbi Belog čarobnjaka, Drvobradi vodi Pipina i Merija u Okrug, kroz šumu. Na putu, Drvobradi im priča o životu Enta, a onda im kaže da će ih prvo odvesti na sastanak Enta, gde će odlučiti da li će se priključiti ratu za Srednji svet. Na sastanku, Enti odlučuju da se ne priključe ratu. Meri izražava svoj protest, ali ga Enti ne slušaju.
Drvobradi nastavlja da nosi Merija i Pipina u Okrug, ali ga Pipin ubedi da idu drugim putem. Na tom putu, Drvobradi vidi uništeno drveće, a da je to delo Orka i Sarumana. On poziva ostale Ente, koji menjaju svoje mišljenje.
Zajedno sa Pipinom i Merijem, Enti napadaju Izengrad. Tu ubijaju Orke i oslobađaju reku. Opsada uspeva, i oni zarobljavaju Sarumana u kuli Izengarda.
Borba za Rohan
U potrazi za Merijem i Pipinom, Aragorn, Legolas i Gimli sreću Gandalfa, koji više nije Gandalf Sivi, već Gandalf Beli. Njih četvorica odlaze u kraljevstvo Rohan, na čijem čelu se nalazi kralj Teoden. Teodenov um je zaposet, a zaposeo ga je Saruman. Gandalf oslobađa Teodena od Sarumanove moći, a onda pokušava da nagovori Teodena da se sutprotstavi Sarumanovim i Sauronovim trupama. Teoden smatra da će to odvesti njegov narod u propast, pa ih vodi u Helmov ponor, tvrđavu koja je godinama štitila njegov narod.
U Rohanu, Aragorn upoznaje princezu Jovajnu, koja se zaljubljuje u njega. Jovajna je prava ratnica i ne daje se lako muškarcima. Ali, Aragorn ne zaboravlja Aurenu, pa ne pada pod Jovajnine čari.
Na putu za Helmov ponor, putnike napadaju Varge, koje jašu Orci. Posle žestoke bitke, Aragorn je nestao, i svi su u uverenju da je mrtav. Legolas nalazi Aureninu ogrlicu, koju je Aragorn uvek nosio sa sobom, pa i on i Gimli nekako poveruju u Aragornovu smrt. Međutim, Aragorn se samo onesvestio, i on brzo stiže u Helmov ponor. Gandalf ih napušta, rekavši da će doći za četiri dana. Za to vreme, Gandalf vredno sakuplja vojsku.
Bitka treba da počne, ali Rohan jednostavno nema dovoljno boraca. Stiže jedan odred Vilovnjaka, Legolasove braće. Orci stižu: više ih je od deset hiljada, mnogo više od boraca na strani Dobra. Tokom bitke, ginu mnogi ljudi, a i sam kralj Teoden se više puta našao u smrtnoj opasnosti. Ipak, četvrtog dana, Gandalf dovodi ogromnu vojsku, tako da Dobro pobeđuje Zlo. Nakon što su zaštitili Rohan, Aragorn, Leogolas, Gimli, Teoden i rohanski borci, predvođeni Gandalfom, kreću u Izengard, kako bi se spremili za završnu bitku.